Según los antecedentes del Ministerio Público –entregados en la audiencia de formalización de la investigación, realizada el lunes 29 de marzo de 2010, en el Centro de Justicia de Santiago-, Orrego Quezada habría cometido los ataques sexuales en contra de la hija de su esposa entre 2008 y abril de 2009 al interior del inmueble que habitaba, ubicado en calle Cabildo 3671, comuna de San Joaquín. En esta casa, además, funcionaba el Centro Cristiano de la Familia, del cual Orrego era pastor.
Según la Fiscalía, aproximadamente en el verano de 2009 la menor de edad quedó embarazada de su padrastro, registrándose el nacimiento de una niña el 22 de noviembre de 2009. Según un informe comparativo de ADN, elaborado por el Laboratorio de Criminalística de la Policía de Investigaciones, la muestra que aportó Marco Orrego presentó un “índice de paternidad combinado y una probabilidad positiva de ser el progenitor del 99,9%”.
Al resolver la prisión preventiva solicitada por la Fiscalía, la jueza Apablaza consideró que el imputado constituye un peligro para la seguridad de la sociedad, por lo que accedió a su internación en un recinto penal. Asimismo, la magistrada fijó 60 días como plazo de la investigación.